El nivel secundario Nuestra Señora de la Merced inicio oficialmente sus actividades el día 15 de marzo del año 1999, con una sección de primer año de polimodal, modalidad Humanidades y Ciencias Sociales. Fue reconocida por la Dipregep de la Provincia de Buenos Aires y cuenta con una subvención estatal del 80%. Su creación respondió a la necesidad de la continuidad de los estudios en el mismo colegio Parroquial, ya que funciona en el mismo edificio el servicio educativo de educación primaria básica "Nuestra Señora del Rosario".
Así se respondió a las necesidades de las familias, docentes, y autoridades de la escuela de brindar un servicio educativo la comunidad, desde educación inicial (sala de tres años Jardín Corazón de María) hasta la finalización de la escuela secundaria, en los umbrales de los estudios superiores.
Posteriormente comenzó a funcionar, por una demanda de la comunidad, la modalidad Ciencias Naturales. A esos fines se construyo un laboratorio de biología, física y química.
El edificio de la escuela se encuentra al lado de la Parroquia Inmaculado Corazón de María y es relativamente nuevo (10 años de antigüedad) y cuenta con los siguientes servicios: energía eléctrica, gas natural, calefacción por caldera, telefonía, Internet, salón de usos múltiples, laboratorio de física, química y biología; laboratorio de informática, biblioteca. El espacio Educación Física es dictado actualmente en la sociedad alemana de gimnasia.